Bên cạnh những mặt tích cực thì việc thực hành, quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị Di sản thực hành tín ngưỡng thờ Mẫu, một số địa điểm tổ chức thờ Mẫu vẫn còn xảy ra những hiện tượng phản cảm, biến tướng sai lệch với bản chất của di sản. Nhiều tổ chức tham gia vào các hoạt động liên quan tới di sản nhưng mang nặng tính thương mại hay các nghi thức cúng bái bị bóp méo.
